辛亥革命期刊對科學分類問題的探究非常深入，科學的外延上幾乎涵蓋自然科學、社會科學與人文科學層面，并且較為地把握科學的本真意義。這種理性認識也反映在辛亥報人對一些學科門類的科學分類上，包括動植物學、心理學、衛生學、論理學(邏輯學)、人種學、歷史學、地理學等專門學科的分類。其中，杜亞泉對動物學與植物學的科學分類最為重要。《普通學報》上特設《博物學科》欄目，先后刊發了《礦物學分類之異同》《植物學分類法》《動物學分類法》《植物分類學》等文章。

首先，杜亞泉把植物分為隱花植物(不生花植物)與顯花植物(生花植物)兩類。隱花植物又包括菌藻植物、苔植物、蕨植物三門;而顯花植物分為裸子植物與被子植物兩類，其中被子植物包括單子葉植物、雙子葉植物兩類。單子葉植物又分為蘇鐵植物與石松植物兩門。

其次，杜亞泉將動物分成“有放射的構造之動物”“左右相稱、體不由節成之動物”與“左右相稱、體由節成之動物”三部分，再區分為八門二十三綱。其中“有放射的構造之動物”分為腔腸類與棘皮類兩門，而腔腸類又分為海月類、珊瑚類兩綱，棘皮類則分為海膽類、人手類與海鼠類三綱。“左右相稱、體不由節成之動物”則劃分為扁蟲類(包括渦蟲類、吸蟲類與條蟲類)、圓蟲類(綿蟲類)與軟體類(分為雙殼類、腹足類與頭足類)三門。“左右相稱、體由節成之動物”分為環蟲類(包括毛足類與蛭類)、節足類(包括甲殼類、蜘蛛類與多足類)、脊椎動物(魚類、兩棲類、爬行類、鳥類與哺乳類)三門。他還列舉了各類所屬的一些動物名稱予以說明。杜亞泉的動植物分類法基本上按照部、類(或門)、科的順序劃分，盡管與今天的分類法有些差異，但在科學洪荒時代的近代中國是非常有意義的。

心理學的科學分類，《新民叢報》闡述最為詳盡。內明將心理學劃分為普通心理學、特殊心理學、實驗心理學與生理的心理學四大類。其中生理的心理學又叫精神生理學，而特殊心理學又分為比較心理學、兒童心理學、民族心理學等學科門類。它們各自研究對象不同，普通心理學是研究成人心理的科學，比較心理學是研究動物心理的科學。但湯祖武的分類法不同，他把心理學定義為一門“研究意識現象(即心的現象)之科學”，主張將心理學分為比較心理學、物理心理學、病的心理學、兒童心理學、民族心理學、生理的心理學與經驗心理學等七類，其中比較心理學又稱動物心理學，物理心理學又叫精神心理學，經驗心理學又名普通心理學。

關于衛生學與邏輯學的分類，普澄認為衛生學是一門“集合各科學(即專門學而言)而成”的科學，但不隸屬于醫學。衛生有狹義與廣義、直接與間接之分。衛生學與其他科學關系密切，生理學是基礎，與之相關的生物學、化學、氣候學、心理學、醫學等學科關系個人衛生，重學理。而相關的建筑學、行政學、財政學、社會學、統計學等學科事關公眾衛生，重方法。衛生學分為個人衛生學與公共衛生學兩類。個人衛生學分為尋常衛生學與特別衛生學。特別衛生學又分為婦女衛生學、小兒衛生學、職業衛生學。公共衛生學分國家衛學、團體衛生學兩類。國家衛生學又分國內衛生學、國際衛生學。團體衛生學分家庭衛生學、學校衛生學、軍陣衛生學、旅客衛生學、工廠衛生學等五類。歐陽啟勛認為，論理學(邏輯學)是一門科學的科學(ScienceofScience)，專門研究思考之法則

(LawofThought)，即“研究思考之形式上之法則之科學也”。既可分為“純粹的論理學”與“應用的論理學”，又可分為“歸納的論理學”與“演繹的論理學”。東方論理學只有印度的因明學，類似于西方形式論理學中的“三段論法”。我國的諸子百家中的名家只是論理學的分支，而非本源。

在其他科學分類方面，劉成禺認為人種學關系“人類進步之記錄、社會之發育學”，是一門“自然的實驗的人種科學(或人類科學)”。人種有宗派區分，可分為白色、黃色、棕色、黑色等四類人種。西方歷史學有種族史、世界史、國別史、時代史、社會史之分。他甚至還明確肯定歷史學的科學地位，“歷史科，尋常所謂普通科也，然固為獨立之一科學。”并區別于經濟學、法學與政治學。而且地理學也是一門“獨立的科學”，并闡明地理學與物理學、氣象學、地質學、博物學等相關學科的關系，將地理學劃分為數理地理學、自然地理學、政治地理學三類，相對應于天文地理學、地文地理學與人文地理學三類。

辛亥革命期間，有的期刊還涉及醫學、化學、物理學、教育學等學科的科學分類，并對各個學科之間的聯系進行不同層面的探討，甚至還涉及一些學科的根本問題的深層探究。譬如，《新民叢報》就對心理學、醫學、教育學等學科是不是科學進行過詳盡地闡述。從某種意義而言，如果沒有20世紀初這種理性探討，那么這些學科自身的科學定位也就難以解決，這些學科的社會認可與發展也就成了問題。

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